Luna® 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒

NEB Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒經(jīng)過(guò)優(yōu)化，適用于水解探針?lè)ǖ哪繕?biāo) RNA 序列實(shí)時(shí)定量。一步法 RT-qPCR 為 RNA 檢測(cè)和定量提供了一種便捷、強(qiáng)大的方法。在同一管中，RNA 首先由反轉(zhuǎn)錄酶轉(zhuǎn)化為 cDNA，然后使用 DNA 依賴(lài)型 DNA 聚合酶擴(kuò)增 cDNA，從而可以進(jìn)行 qPCR 定量。探針?lè)?qPCR/RT-qPCR 原理是利用聚合酶的 5′→3′ 核酸外切酶活性，將淬滅的目標(biāo)特異性探針切斷發(fā)出熒光，并實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)熒光值的增加，以測(cè)量每個(gè)循環(huán)中的 DNA 擴(kuò)增。在熒光信號(hào)顯著超過(guò)背景熒光的位置，可以確定循環(huán)數(shù)或 Cq 值。Cq 值可用于評(píng)估兩個(gè)或多個(gè)樣品的靶基因相對(duì)豐度，通過(guò)已知稀釋濃度樣品的標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)，可對(duì)靶基因進(jìn)行絕對(duì)定量。

在 Luna 通用一步法探針 RT-qPCR 試劑盒中，聯(lián)合使用熱啟動(dòng) Taq DNA 聚合酶與新型 WarmStart 反轉(zhuǎn)錄酶，通過(guò)適配體可逆抑制來(lái)雙重控制酶活性。這種溫控活化機(jī)制可避免熱循環(huán)前的非特異擴(kuò)增，從而讓室溫建立體系更安全。經(jīng)改造的 Luna WarmStart 反轉(zhuǎn)錄酶的熱穩(wěn)定性比許多反轉(zhuǎn)錄酶更高，其最佳反應(yīng)溫度為 55℃。對(duì)于困難靶標(biāo)/模板，最多可將反轉(zhuǎn)錄步驟的溫度升至 60℃，不會(huì)影響 Luna 性能。

注意：為確保 Luna WarmStart 反轉(zhuǎn)錄酶全激活，建議溫育溫度不低于 50℃。

Luna 通用探針一步法反應(yīng)混合液濃度為 2X，包含熱啟動(dòng) Taq DNA 聚合酶、dNTP 和所有必需的緩沖液成分。該預(yù)混液包含惰性參比染料，可與多種 qPCR 儀器兼容，包括需要高 ROX 或低 ROX 參比信號(hào)的儀器。特色的是：預(yù)混液還包含可防止交叉污染的 dUTP，以及有助于觀察反應(yīng)體系建立的非熒光可見(jiàn)示蹤染料。該示蹤染料與 qPCR 常用熒光團(tuán)的光譜沒(méi)有重疊，因此不會(huì)干擾實(shí)時(shí)檢測(cè)。

Luna WarmStart 反轉(zhuǎn)錄酶預(yù)混液的濃度為 20X，其中包含 Luna WarmStart 反轉(zhuǎn)錄酶以及用于防止 RNA 降解的小鼠 RNase 抑制劑（詳情請(qǐng)見(jiàn)產(chǎn)品手冊(cè)中的模板制備）。適用于各種 RNA 樣品類(lèi)型（總 RNA、poly（A）-RNA 等）和來(lái)源。

.圖 1：NEB 的 Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒具有更高的靈敏度、更出眾的可重復(fù)性以及更優(yōu)異的 RT-qPCR 表現(xiàn)

使用 Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒，執(zhí)行了人 GAPDH 基因的 RT-qPCR 靶標(biāo)檢測(cè)，起始量模板為 8 個(gè) 10 倍梯度稀釋的 Jurkat 總 RNA（1 μg – 0.1 pg），每個(gè)濃度的樣品做 8 個(gè)重復(fù)。實(shí)驗(yàn)按照試劑盒建議的操作流程進(jìn)行，反應(yīng)中包含一個(gè) 55℃ 溫育 10 分鐘的反轉(zhuǎn)錄步驟，以便于具有熱穩(wěn)定性的 Luna WarmStart 反轉(zhuǎn)錄酶發(fā)揮作用。

圖 2：NEB 的 Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒在多重檢測(cè)中展現(xiàn)強(qiáng)大功效

使用 Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒，執(zhí)行了人 GAPDH 基因、核糖體蛋白 L32g 和 PI3 激酶相關(guān)的激酶 SMG1 基因的多重 RT-qPCR 靶標(biāo)檢測(cè)。起始量模板濃度為 7 個(gè) 10 倍稀釋的 Jurkat 總 RNA（1 μg – 1 pg），每個(gè)濃度的樣品做 4 個(gè)重復(fù)。擴(kuò)增圖表如上所示，左邊是疊加的結(jié)果，右邊是每個(gè)基因單獨(dú)的檢測(cè)結(jié)果。若要解釋拷貝數(shù)的差異，低拷貝的模板（SMG1）使用的引物濃度為 0.4 µM，高拷貝的模板（L32g 和 GAPDH）使用的引物濃度為 0.2 µM。Luna 產(chǎn)品在多重 RT-qPCR 檢測(cè)中展現(xiàn)出高效率、可重復(fù)性、靈敏度和性能。

圖 3：通過(guò)與市售的探針?lè)?RT-qPCR 試劑相比，Luna 產(chǎn)品展現(xiàn)出更好的穩(wěn)定性和特異性

使用市售的 RT-qPCR 試劑對(duì) 7 個(gè)不同豐度、長(zhǎng)度和 GC 含量的 RT-qPCR 靶標(biāo)進(jìn)行測(cè)試。測(cè)試均根據(jù)產(chǎn)品說(shuō)明書(shū)進(jìn)行，數(shù)據(jù)來(lái)源于兩位實(shí)驗(yàn)人員。從以下方面評(píng)估了反應(yīng)結(jié)果：擴(kuò)增效率、低起始量檢測(cè)能力及無(wú)模板擴(kuò)增值（ΔCq = 無(wú)模板對(duì)照的平均 Cq – *低起始量的平均 Cq）。此外，還評(píng)估了擴(kuò)增結(jié)果的一致性、可重復(fù)性和總體曲線(xiàn)質(zhì)量（質(zhì)量分?jǐn)?shù)）。柱狀圖展示了達(dá)到可接受的性能標(biāo)準(zhǔn)的目標(biāo)百分比（由點(diǎn)圖上的綠色框表示，質(zhì)量分?jǐn)?shù) > 3）。NEB 和其它供應(yīng)商的結(jié)果如下所示：Quanta，qScript™ XLT 1-Step RT-qPCR ToughMix®；ABI，TaqMan® RNA-to-Ct 1-Step Kit；QIAGEN，QuantiFast® Probe RT-PCR Kit；Bio-Rad，iTaq™ Universal Probes One-Step Kit；Promega®，GoTaq® Probe 1-Step RT-qPCR System。NEB 的 Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒性能優(yōu)于其它測(cè)試試劑。

• 注意事項(xiàng)

1. 引物設(shè)計(jì)
   使用 qPCR 引物設(shè)計(jì)軟件（如 Primer3），可在盡力減少非特異性擴(kuò)增和引物二聚體的情況下提高擴(kuò)增成功率。GC/AT 含量平衡（40 – 60%）的靶標(biāo)，往往具有最高的擴(kuò)增效率。若可行，盡量多輸入目標(biāo)周?chē)鷧^(qū)域序列，以便引物序列設(shè)計(jì)更加完善，同時(shí)使用檢索功能，檢索相關(guān)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（避免潛在的非特異性擴(kuò)增）。建議在已知的 RNA 剪接位點(diǎn)范圍內(nèi)設(shè)計(jì)引物，防止基因組 DNA 擴(kuò)增。

2. 引物和探針濃度
   對(duì)大多數(shù)靶標(biāo)而言，400 nM（每個(gè)引物）的終濃度就可以提供最佳性能。如有必要，可以在 100 – 900 nM 范圍內(nèi)優(yōu)化引物濃度。為獲得最佳結(jié)果，探針應(yīng)包括在 200 nM 的范圍內(nèi)。可以在 100 – 500 nM 范圍內(nèi)優(yōu)化探針濃度。

3. 多重檢測(cè)
   在確定要納入多重檢測(cè)反應(yīng)中的熒光團(tuán)時(shí)，一定要選擇兼容的熒光發(fā)光基團(tuán)和熒光吸收基團(tuán)（例如，所選實(shí)時(shí)儀器可以容納且熒光光譜重疊度最小）。若為依賴(lài) ROX 的儀器，避免使用 ROX 標(biāo)記的探針。包含 400 nM 的正向和反向引物，以及反應(yīng)中要檢測(cè)的各靶標(biāo)的 200 nM 探針。對(duì)于豐度差異較大的靶標(biāo)，推薦對(duì)豐度較高的靶標(biāo)使用較低的引物濃度（如 200 nM）。如有必要，根據(jù)性能調(diào)整濃度（引物 100 – 900 nM，探針 100 – 500 nM）。將 qPCR 方案加載到實(shí)時(shí)儀器上時(shí)，一定要選擇適當(dāng)?shù)墓鈱W(xué)通道，因?yàn)橛行﹥x器的單通道記錄模式會(huì)妨礙多重檢測(cè)數(shù)據(jù)的收集和分析。在嘗試進(jìn)行多重檢測(cè)之前，應(yīng)單獨(dú)測(cè)試引物和探針組的功能。

4. 擴(kuò)增子長(zhǎng)度
   為確保成功獲得一致的 qPCR 結(jié)果，最大限度地提高 PCR 效率非常重要。其中一個(gè)重要方面就是設(shè)計(jì)短片段 PCR 擴(kuò)增子（通常為 70 – 200 bp）。如果靶標(biāo)超出范圍，可能需要對(duì)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行優(yōu)化。

5. 模板制備及相關(guān)濃度
   Luna RT-qPCR 與通過(guò)傳統(tǒng)核酸純化方法制備的 RNA 樣品兼容。為保障長(zhǎng)效穩(wěn)定性，制備好的 RNA 應(yīng)儲(chǔ)存在含有 EDTA 的緩沖液中（如 1X TE）；稀釋液應(yīng)在 qPCR 實(shí)驗(yàn)前采用 TE 或水新鮮制備。注意：RNA 模板質(zhì)量會(huì)對(duì) RT-qPCR 效率產(chǎn)生極大的影響。處理 RNA 時(shí)應(yīng)采取適當(dāng)?shù)念A(yù)防措施，防止 RNase 或 DNase 污染。強(qiáng)烈推薦使用（提供的）無(wú)核酶水。若可行，可使用 DNase I 處理 RNA，將殘留基因組 DNA 除去。
   一般來(lái)說(shuō)，標(biāo)準(zhǔn)品和未知樣品的有效濃度范圍應(yīng)該在 108 拷貝到 10 拷貝之間。注意：根據(jù)泊松分布，對(duì)于單拷貝范圍內(nèi)的稀釋液，某些樣品會(huì)包含多個(gè)拷貝，某些則不含拷貝。對(duì)于總 RNA，Luna 一步法試劑盒可以在 8 個(gè)濃度梯度的起始量范圍內(nèi)（1 μg – 0.1 pg）提供良好的線(xiàn)性定量能力。對(duì)于大多數(shù)靶標(biāo)，推薦使用 100 ng – 10 pg 的總 RNA 標(biāo)準(zhǔn)起始量范圍。對(duì)于經(jīng)純化的 mRNA，推薦起始量 ≤ 100 ng。對(duì)于體外轉(zhuǎn)錄的 RNA，推薦起始量 ≤ 109 拷貝。

6. ROX 參比染料

   對(duì)于某些實(shí)時(shí)儀器，建議使用惰性參比染料（通常是 ROX）來(lái)避免儀器限制（例如“邊緣效應(yīng)"、氣泡、微小體積差異以及反應(yīng)過(guò)程中塵埃或微粒的自發(fā)熒光）造成的孔與孔之間的反應(yīng)誤差。不過(guò)，對(duì)于模板/引物的加樣錯(cuò)誤、異質(zhì)混合液和蒸發(fā)/凝結(jié)問(wèn)題造成的誤差，ROX 校正幾乎不起作用。

   以下 Luna® qPCR 產(chǎn)品包含通用惰性參比染料：Luna 通用 qPCR 預(yù)混液（NEB #M3003）、Luna 通用探針?lè)?qPCR 預(yù)混液（NEB #M3004）、Luna 通用一步法 RT-qPCR 試劑盒（NEB #E3005）和 Luna 通用探針一步法 RT-qPCR 試劑盒（NEB #E3006）。這些產(chǎn)品兼容多種儀器（高 ROX、低 ROX、無(wú) ROX），因此無(wú)需額外的 ROX 來(lái)進(jìn)行校正。

   Luna 探針一步法 RT-qPCR 試劑盒（無(wú) ROX）（E3007）不含參比染料，與無(wú)需使用 ROX 的儀器兼容。如果需要 ROX 校正，可自行添加 ROX。如需詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱儀器廠(chǎng)商說(shuō)明書(shū)。

7. 防止交叉污染
   RT-qPCR 是一種非常靈敏的方法，在新的 RT-qPCR 測(cè)定中，之前擴(kuò)增反應(yīng)的產(chǎn)物污染會(huì)導(dǎo)致各種問(wèn)題，例如假陽(yáng)性結(jié)果和靈敏度降低。防止這種“交叉"污染的最好辦法就是嚴(yán)格按照實(shí)驗(yàn)程序操作，避免擴(kuò)增后打開(kāi)反應(yīng)容器。不過(guò)，為進(jìn)一步滿(mǎn)足預(yù)防污染的要求，Luna qPCR 混合液中包含了 dUTP/dTTP 混合物，從而可在擴(kuò)增過(guò)程中將 dU 結(jié)合到 DNA 產(chǎn)物中。用尿嘧啶-DNA 糖基化酶（UDG）對(duì) qPCR/RT-qPCR 實(shí)驗(yàn)進(jìn)行預(yù)處理，通過(guò)切除尿嘧啶堿基來(lái)消除之前擴(kuò)增的含尿嘧啶的產(chǎn)物，從而產(chǎn)生不可擴(kuò)增的 DNA 產(chǎn)物。使用熱敏 UDG 至關(guān)重要，因?yàn)樾枰獙?UDG 全滅活，防止其破壞新合成的 qPCR 產(chǎn)物。
   
   為防止交叉污染，應(yīng)在反應(yīng)混合液中添加終濃度為 0.025 U/μl 的南極熱敏 UDG（NEB #M0372）。要最大限度地消除污染產(chǎn)物，可在室溫下進(jìn)行 qPCR 實(shí)驗(yàn)，或在進(jìn)行初始變性之前在 25℃ 條件下溫育 10 分鐘。

8. 反應(yīng)體系建立與循環(huán)條件
   Luna 一步法試劑盒具有雙重?zé)釂?dòng)功能，因此無(wú)需在冰上建立反應(yīng)體系或在使用前預(yù)熱熱循環(huán)儀。
   如果采用 96 孔板，推薦使用 20 μl 最終反應(yīng)體積。
   如果采用 384 孔板，推薦使用 10 μl 最終反應(yīng)體積。
   對(duì)儀器循環(huán)條件進(jìn)行編程時(shí)，確保在延伸結(jié)束時(shí)讀取模板讀數(shù)，并在循環(huán)完成后繪制變性（融化）曲線(xiàn)，以分析產(chǎn)物特異性。
   大部分應(yīng)用只需 40 個(gè)循環(huán)的擴(kuò)增，但低起始量樣品可能需要 45 個(gè)循環(huán)。

上海牧榮生物科技有限公司是一家集成服務(wù)商，公司堅(jiān)持“一站式"服務(wù)模式，為客戶(hù)全面解決實(shí)驗(yàn)、生產(chǎn)、開(kāi)發(fā)需求。公司整合國(guó)際與國(guó)內(nèi)資源，加強(qiáng)網(wǎng)絡(luò)建設(shè)，提高公司內(nèi)部運(yùn)作效率，為客戶(hù)提供方便、快捷的服務(wù)。

實(shí)驗(yàn)試劑的注意事項(xiàng):

(1)切忌與皮膚直接接觸。

(2)要用潔凈的專(zhuān)用取用試劑，用同一種工具不允許同時(shí)連續(xù)取用多種試劑。應(yīng)取完一種試劑后，將工具洗凈(藥勺要擦干)后，才可取用另一種試劑。

(3)易燃易爆性化學(xué)試劑必須存放于專(zhuān)用的危險(xiǎn)性試劑倉(cāng)庫(kù)里，并存放在不燃燒材料制作的柜、架上，溫度不宜超過(guò)28℃，使用時(shí)要穿好必要的防護(hù)用具實(shí)驗(yàn)室少量瓶裝可設(shè)危險(xiǎn)品專(zhuān)柜，按性質(zhì)分格貯存，同一格內(nèi)不得混放氧化劑等性質(zhì)的抵觸品，并根據(jù)貯存種類(lèi)配備相應(yīng)的滅火設(shè)備和自動(dòng)報(bào)警裝置。低沸點(diǎn)極易燃燒試劑宜低溫下貯存(5℃以下，禁用有電火花產(chǎn)生的普通家用電冰箱貯存。

(4)強(qiáng)腐蝕類(lèi) 存放處要求陰涼通風(fēng)，并與其他藥品隔離放罟。

(5)強(qiáng)氧化劑試劑是過(guò)氧化物或含氧酸及其鹽,在適當(dāng)條件下會(huì)發(fā)生爆炸,并可與有機(jī)物、鎂、鋁、鋅粉、硫等易燃固體形成爆炸混合物。(存放處要求陰涼通風(fēng)，溫度不得超過(guò)30℃℃。

(6)放射性類(lèi) 一般化驗(yàn)室不可能有放射性物質(zhì)。化驗(yàn)操作這類(lèi)物質(zhì)需要特殊防護(hù)設(shè)備和知識(shí)以保護(hù)人身安全，并防止放射性物質(zhì)的污染與擴(kuò)散

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