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如何選擇合適的瓊脂糖？

更新時(shí)間：2025-05-08 點(diǎn)擊次數(shù)：849

Genaxxon 提供多種高質(zhì)量瓊脂糖，所有瓊脂糖均具有低硫酸鹽含量和低 EEO（電內(nèi)滲）值。它們普遍適用于所有凝膠緩沖液系統(tǒng)，當(dāng)然也不含 DNase 和 RNase。

仍然不確定哪種瓊脂糖適合您的實(shí)驗(yàn)？下面的圖表和選擇指南將幫助您為您的應(yīng)用做出的選擇。

瓊脂糖凝膠電泳：實(shí)用概述

瓊脂糖凝膠的制備首先將瓊脂糖溶解在電泳緩沖液（TAE 或 TBE）中。冷卻后，瓊脂糖形成凝膠，其孔徑直接取決于瓊脂糖濃度。濃度越高，毛孔越小，ge l 越緊。這種特性會(huì)影響分子的分離 – 較大的 DNA 片段比較小的 DNA 片段在凝膠中被阻擋得更多。

凝膠電泳的原理

在電場(chǎng)中，帶負(fù)電的 DNA 分子通過(guò)凝膠的孔向正極遷移。較小的分子比較大的分子更快地通過(guò)孔，從而實(shí)現(xiàn)基于尺寸的分離。

可視化和文檔

SafeGel 等熒光染料可替代有毒的溴化乙錠，使 DNA 條帶可視化。DNA 條帶的分析是使用 DNA 分子量標(biāo)準(zhǔn)作為大小和濃度的參考來(lái)完成的。

影響因素：瓊脂糖和緩沖液

除了瓊脂糖濃度外，瓊脂糖的帶電基團(tuán)和使用的電泳緩沖液也會(huì)影響 DNA 分子分離：

瓊脂糖的帶電基團(tuán)（丙酮酸和硫酸鹽基團(tuán)）決定了電內(nèi)滲（EEO 值）
負(fù)硫酸根離子與凝膠基質(zhì)結(jié)合，而陽(yáng)離子（K+、Na+）可自由移動(dòng)。在電泳過(guò)程中，兩組相互移動(dòng)，導(dǎo)致不需要的制動(dòng)效果。因此，高 EEO 值（例如，瓊脂糖中的高硫酸鹽含量）會(huì)減慢 DNA 遷移并導(dǎo)致條帶拖尾。
TAE 緩沖液：具有低離子強(qiáng)度和低緩沖能力。建議用于分離較大的 DNA 分子（從 1 kb 開(kāi)始），以及之后分離分離的 DNA 時(shí)。
TBE 緩沖液：具有高離子強(qiáng)度和高緩沖能力。它與較小的 DNA 分子形成更清晰的條帶，推薦用于分離小 DNA 分子（<1kb）。

GENAXXON 提供以下用于 DNA 分子分離的瓊脂糖：

1. 高分辨率瓊脂糖

能夠分離小至 2-3 個(gè)堿基對(duì)的差異。
凝膠濃度最高可達(dá) 4%。
高分辨率瓊脂糖可與其他瓊脂糖混合。
將 Agarose Tiny （M3046）添加到 Agarose LE （M3044）中可顯著提高分離性能和分離度。
Agarose Tiny （M3046）可以替代聚丙烯酰胺凝膠。

Genaxxon 提供幾種高分辨率瓊脂糖：

M3046 – 微小瓊脂糖
M3047 – 瓊脂糖 Tiny HT

低熔點(diǎn)瓊脂糖

瓊脂糖的熔解和凝膠化溫度會(huì)受到化學(xué)修飾的影響，通常會(huì)減少負(fù)責(zé)交聯(lián)瓊脂糖扭曲多糖鏈的氫鍵數(shù)量。修飾程度直接影響瓊脂糖的熔解和凝膠溫度。

低熔點(diǎn)瓊脂糖的特殊性質(zhì)：

與標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖相比，形成具有更高透明度的凝膠。
由于熔點(diǎn)低，非常適合從凝膠中快速提取 DNA。
適用于使用酶進(jìn)行“凝膠內(nèi)"DNA 處理。
非常適合使用凝膠提取試劑盒從凝膠中重新分離 DNA 和 RNA。
適合用 β-瓊脂酶消化。
可以輕柔地分離大的 DNA 片段。
適用于細(xì)胞和組織培養(yǎng)（M3049 – Agarose LM – 低熔點(diǎn)）。
非常適合噬菌體噬菌斑測(cè)定。

GENAXXON 提供兩種低熔點(diǎn)瓊脂糖：

M3046 – 微小瓊脂糖
M3049 - 瓊脂糖 LM – 低熔點(diǎn)

GENAXXON 瓊脂糖的應(yīng)用

1. 印跡（Southern Blot）

首先用限制性內(nèi)切酶消化 DNA，然后通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳分離。堿性處理將分離的 DNA 分裂成單鏈，然后將其轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素膜上（印跡）。添加與靶序列互補(bǔ)的標(biāo)記 RNA 探針。如果序列存在于膜上，則探針與其結(jié)合（雜交），并且可以根據(jù)標(biāo)記進(jìn)行檢測(cè)。

推薦用于印跡實(shí)驗(yàn)的瓊脂糖：

M3044 – 瓊脂糖 LE（標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖）
M3054 – 瓊脂糖 LE 片劑
M3047 – 瓊脂糖 Tiny HT
M3051 – 瓊脂糖 Mega

2. PFGE（脈沖場(chǎng)凝膠電泳）

PFGE 是一種確定染色體 DNA 片段大小（30-50kb）、遺傳指紋圖譜、細(xì)菌基因組分型或病原體鑒定的方法。與正常瓊脂糖凝膠電泳的不同之處在于使用周期性反轉(zhuǎn)的電場(chǎng)，這顯著提高了 30-50 kb 范圍內(nèi)的分辨率。

推薦用于 PFGE 的瓊脂糖：

M3051 – 瓊脂糖 Mega

3. 噬菌體噬菌斑測(cè)定

噬菌斑測(cè)定可檢測(cè)和定量感染性病毒。對(duì)于細(xì)胞培養(yǎng)：孵育含病毒的瓊脂糖層，孵育后刮掉瓊脂糖并對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色。病毒斑塊表現(xiàn)為透明斑點(diǎn)。對(duì)于細(xì)菌培養(yǎng)：將敏感細(xì)菌與瓊脂糖混合并鋪板，然后加入病毒（噬菌體）。孵育后，噬菌體噬菌斑被評(píng)估為透明斑點(diǎn)。

推薦用于噬菌體噬菌斑測(cè)定的瓊脂糖：

M3049 – 瓊脂糖 LM – 低熔點(diǎn)

4. 免疫擴(kuò)散

免疫擴(kuò)散是一種用于檢測(cè)抗原抗體反應(yīng)的免疫化學(xué)測(cè)試。一種流行的方法是 Ouchterlony 測(cè)試，將抗原和抗體移液到瓊脂糖涂層玻璃板上的預(yù)打孔中，然后它們相互擴(kuò)散。在抗原和抗體以同等濃度相遇的地方形成沉淀線。

推薦用于免疫擴(kuò)散的瓊脂糖：

M3051 – 瓊脂糖 Mega