代謝組位于基因調控網絡和蛋白質作用網絡的下游，提供生物學的終端信息。那么代謝組學提供終端信息的實驗過程是怎樣的呢？

代謝組學的實驗過程主要包括生物樣品制備、代謝物分離、檢測和鑒定、數據分析和生物學解釋。

生物樣品制備

代謝物主要通過體液排泄，因此各種易得的生物體液是代謝組學研究的主要樣本。同時，各種復雜的生物組織和細胞樣本，如臨床或動植物實驗中獲得的病理組織或動植物組織等，也是代謝組樣本。

由于身體的所有組織和器官都參與代謝過程，每個細胞都有其代謝產物的釋放，周圍的環境可以改變細胞的功能。因此，代謝譜易受多種因素影響，代謝組學研究的樣本采集需要嚴格控制。采集樣本時，需要考慮采集時間、樣本保存條件和保存時間等的平行性。特別是臨床生物樣本不易控制，需要考慮年齡、性別、年齡等的匹配。受測患者與健康對照人群的飲食、作息習慣、體重、用藥等因素之間的差異。這些因素的變化會導致代謝譜的變化，影響實驗結果。

與基因和蛋白質相比，代謝物處于生命活動的下游，動態波動較大。因此，需要更多的生物學重復來提高數據的可靠性和可信度。

代謝組學研究的技術手段

根據不同的樣品性質、實驗目的、代謝物的理化性質，選擇不同的分析鑒定技術。目前，常用的鑒定技術是色譜-質譜聯用技術和核磁共振（NMR）技術。

色譜-質譜技術：利用色譜分離和質譜鑒定，可以對代謝物進行快速定性分析和準確定量。同時，由于質譜的靈敏度高，可以檢測到更多的低水平代謝物。

色譜-質譜法包括液相色譜-質譜法和氣相色譜-質譜法。

液相色譜-質譜聯用儀(LC/MS)

LC/MS是一種分辨率較高的分離分析技術。具有靈敏度高、動態范圍寬、無需衍生化等優點。因此，它已成為代謝組學研究中常用的技術。 LC/MS的主要分析范圍包括非揮發性化合物的分析與測定、極性化合物的分析與測定以及熱不穩定化合物的分析與測定。 1000Da以內的大分子量化合物的分析測定，包括蛋白質、肽、聚合物等。

氣相色譜-質譜聯用儀(GC/MS)

GC/MS是一種質譜技術，主要用于揮發性物質的分離和鑒定。擁有較為完善的美國國家標準與技術研究院（NIST）數據庫。它在代謝物鑒定方面具有一定的優勢，是植物代謝組學研究中常用的分析技術。

在動物代謝組學方面，由于動物的內源代謝物大多是非揮發性的，分析樣品需要經過復雜的化學衍生化處理才能實現分析，這限制了GC/MS的應用。然而，隨著衍生化試劑和方法的創新，GC/MS開始逐漸應用于動物代謝組學。與LC/MS相比，GC/MS檢測到的化合物主要是低極性、分子量相對較小（<300 Da）的代謝物。

核磁共振(NMR)

核磁共振（NMR）能夠實現對樣品中代謝物無偏差，并且所有化合物的靈敏度相同；對樣品無損傷，不會破壞生物樣品的結構和性質。無需復雜的預處理，可以在接近的生理條件下對生物樣品進行測試；并且可以實時動態檢測。

但NMR也有明顯的缺點，主要表現在以下幾個方面：其靈敏度比質譜低幾個數量級，難以檢測豐度低的代謝物；對于可檢測到但含量較低的代謝物，信號較弱。同一種代謝物會產生多種信號，有些信號是不同代謝物信息疊加的結果。 NMR 可以提供結構片段的信息，但通常很難將這些片段分配給代謝物。

概括

不同的代謝組鑒定技術具有不同的特點。 GC/MS 擅長分析和鑒定揮發性和低極性代謝物，但不適合非揮發性代謝物。 LC/MS擅長分析鑒定1000Da以內的大分子量化合物、非揮發性化合物、極性化合物、熱不穩定化合物。NMR檢測代謝物無偏差、無損傷、前處理簡單、實時具有動態檢測特性，但檢測靈敏度較低。因此，應根據研究對象的特點和目的，進行更全面的代謝組分析和鑒定，靈活組合一種或多種代謝組鑒定技術，充分發揮各自的優勢。